Дело в тайминге и порядке операций. Лучше всего опираться не на css классы, а на внутреннее представление слайдов в самой библиотеке. Она дает индекс активного слайда, от него и отталкивайся:
on: {
slideNextTransitionEnd: function (swiper) {
console.log('CurrentActive:', swiper.activeIndex)
}
}