Из описаня не видно концептуального отличия решения от решения из этого комментария:
Обработчик скролла вешаешь на тот элемент что имеет скролл. Количество проскролленых пикселей тоже берешь у него же. Скрываешь-показываешь блок - все равно где этот блок находится. В чем именно загвоздка?