Когда на консоли пишу
bower i -s jquery
Выдает вот это
bower EINVALID name must be lowercase, can contain digit , dots,dahes “@” or spaces
А что у тебя написано в bower.json?
Его нет
А что выдает такая команда (должна вывести дополнительную информацию)?
bower i jquery --verbose
Думаю дело в том что имя твоего пользователя написано кириллицей. Создай нового пользователя с только латинскими буквами. И без пробелов. И установи зависимости из-под него.
Такого рода проблемы появляются часто и неожиданно (какие-то пакеты работают с кириллицей в путях, а какие-то нет). Я бы не пытался найти решение только для этого случая, а сразу бы изменил пользователя из под которого работаю.