Нужно брать ширину экрана в момент клика, проверять больше или меньше она 1000 пикселей и прокручивать экран на соответствующее количество пикселей.
$("#but").click(function() {
var windowWidth = $(window).width()
var scrollAmount = windowWidth > 1000 ? 100 : 1100
$("html").animate({
scrollTop: scrollAmount
}, 1000);
});