Каким образом файлы попадают на сервер? Какая команда запуска и что она конкретно делает? Еще хорошо бы увидеть секцию scripts в package.json. В ней могут быть скрипты, выполняющие установку зависимостей.
Кстати, точно уверен что на сервере есть папка node_modules? То что ты ее видишь в тулзах может быть следствие source-maps: в бандл включены скрипты из node_modules, sourcemaps это знают, браузер показывает что такая папка есть, а на практике на сервере лежит только билд.