Привет!
Нужно добавить в файл .gitignore папку node_modules.
Идея в том, что нужно хранить в Гит файл package.json и package-lock.json, которые четко указывают на те npm пакеты и их версии, которые будут установлены (они будут устанвлены в папку node_modules). А вот хранить в Гит саму папку node_modules не имеет никакого смысла (она будет автоматически создаваться при установке всех npm пакетов на основе файлов package.json и package-lock.json).
Вот еще для примера более полное содержимое файла .gitignore, который автоматически генерируется (папка node_modules тоже здесь присутствует):
# See https://help.github.com/articles/ignoring-files/ for more about ignoring files.
# testing
/coverage
# misc
.DS_Store
*.pem
# Logs
logs
*.log
npm-debug.log*
yarn-debug.log*
yarn-error.log*
pnpm-debug.log*
lerna-debug.log*
# dependencies
/.pnp
.pnp.js
node_modules
dist
dist-ssr
*.local
# Editor directories and files
.vscode/*
!.vscode/extensions.json
.idea
.DS_Store
*.suo
*.ntvs*
*.njsproj
*.sln
*.sw?
yarn-lock.json